Sarbecovirus yang sebelumnya tidak dikenal terungkap pada kelelawar di Inggris

Sarbecovirus yang sebelumnya tidak dikenal terungkap pada kelelawar di Inggris
Sarbecovirus yang sebelumnya tidak dikenal terungkap pada kelelawar di Inggris
Anonim

Para ilmuwan telah menemukan sarbecovirus baru RhGB01 setelah memeriksa hanya 53 sampel tinja dari kelelawar tapal kuda, memperluas jangkauan geografis dan spesies virus corona seperti SARS-CoV dan SARS-CoV-2. Agaknya, mereka akan ditemukan di seluruh jajaran Rhinolophidae - dari Australia dan Jepang hingga Eropa dan Afrika.

Lebih dari setahun kemudian, sumber wabah virus corona saat ini masih belum diketahui, meskipun ada ribuan penelitian, laporan WHO, investigasi, dan banyak lagi. Kelelawar tapal kuda (Rhinolophus) dianggap sebagai inang alami untuk SARS-CoV (sindrom pernapasan akut parah yang muncul pada tahun 2002) dan SARS-CoV-2 kami, tetapi tidak ada pembawa perantara yang menularkan virus ke manusia yang telah diidentifikasi.

Kisaran kelelawar mencakup sebagian besar Dunia Lama, tetapi sebagian besar sampel sebelumnya diambil di Asia Timur dan Tenggara: ada sekitar 50 coronavirus terkait SARS ditemukan di sepuluh spesies kelelawar, 48 di antaranya milik sembilan spesies berbeda. kelelawar tapal kuda. Analisis filogenetik dari sarbecovirus baru - yaitu, coronavirus yang terkait dengan SARS - berbentuk tapal kuda di Cina menunjukkan bahwa mereka paling dekat hubungannya dengan SARS-CoV dan SARS-CoV-2.

Para ilmuwan dari University of East Anglia memutuskan untuk melengkapi data ini. Penulis penelitian, yang diterbitkan kemarin di Scientific Reports, mengumpulkan kotoran dari puluhan hewan kecil berbentuk tapal kuda di Somerset, Monmouthshire, dan Wales pada Agustus dan September 2020. Hewan ditangkap menggunakan perangkap atau jaring yang ditempatkan di dekat sarang dan di hutan.

Kotoran ditempatkan dalam tabung steril individu yang berisi larutan RNAlater untuk stabilisasi RNA, didinginkan dan disimpan beku sebelum analisis. Para ilmuwan kemudian melakukan pengurutan genom, yang mengidentifikasi virus yang sebelumnya tidak dikenal di salah satu dari 53 sampel. Itu bernama RhGB01. Virus ini mengandung 10 gen pengkode, sedangkan SARS-CoV dan SARS-CoV-2 - 11 gen pengkode dengan dimasukkannya protein ORF8.

“Filogenesis dari protein lonjakan dan sekuens nukleotida telah menunjukkan bahwa RhGB01 digabungkan dalam klad monofiletik dengan BM48-31 / BGR / 2008, sarbekovirus kelelawar tapal kuda Blasius (Rhinolophus blasii), ditemukan pada 2008 di Bulgaria. RhGB01 berbeda dari clades yang mengandung virus beta-coronavirus manusia patogen SARS-CoV dan SARS-CoV-2, tetapi berkorelasi lebih dekat dengan virus corona yang terkait dengan sindrom pernapasan akut yang parah,”tulis para ilmuwan.

Reseptor utama untuk penetrasi SARS-CoV dan SARS-CoV-2 ke dalam tubuh tetap merupakan enzim ACE2, kesempatan ini diberikan kepadanya oleh receptor-binding motif (RBM) di dalam receptor-binding domain (RBD) dari S-protein - membentuk amplop virus. RhGB01 baru berbagi identitas asam amino 68% dan 67% dengan RBD SARS-CoV dan SARS-CoV-2, masing-masing, tetapi hanya 43% dan 48% yang serupa dengan mereka di RBM. Sebagai perbandingan: virus terdekat yang terkait dengan SARS-CoV-2, kelelawar dan trenggiling memiliki 89% dan 86% kebetulan dengan RBD SARS-CoV-2 dan 75,77% dengan SARS-CoV. Selain itu, RhGB01 menunjukkan sedikit kemiripan RBM dengan Virus Sindrom Pernafasan Timur Tengah (MERS). Namun, ia tidak memiliki situs pembelahan furin tambahan di persimpangan protein S1 dan S2, yang khusus untuk SARS-CoV-2.

“Tingkat kesamaan yang rendah, kurangnya residu kontak dan perbedaan struktural dibandingkan dengan domain pengikatan reseptor SARS-CoV dan SARS-CoV-2, kemungkinan besar menunjukkan kurangnya kemampuan untuk mengikat ACE2. Oleh karena itu, RhGB01 tidak mungkin menjadi zoonosis jika tidak bermutasi. Tetapi tes in vitro diperlukan untuk mengkonfirmasi secara eksperimental kurangnya pengikatan ACE2 atau reseptor lain dalam sel manusia dan untuk menentukan kemampuan untuk mengikat reseptor ACE2 mamalia lainnya,”catat penulis penelitian.

Meskipun RhGB01 tampaknya telah ada selama ribuan tahun, para ilmuwan percaya bahwa perlu memperkuat pengawasan untuk virus corona pada kelelawar tapal kuda di seluruh jangkauan mereka, serta spesies kelelawar lainnya. Bagaimanapun, baik SARS-CoV dan SARS-CoV-2, mungkin, berevolusi sebagai akibat dari mutasi, rekombinasi homolog (pertukaran urutan nukleotida antara dua kromosom yang serupa atau identik) dan "melewati" setidaknya satu inang perantara.

Artinya, pendahulu virus dari inang alami menerima adaptasi genetik, yang memungkinkan untuk berhasil menginfeksi orang dan menularkan di antara kita. Dan di mana ada kemungkinan rekombinasi homolog sarbecovirus melalui koinfeksi, ada risiko zoonosis baru.

“Setiap kelelawar yang membawa virus mirip SARS dapat menjadi kuali untuk mutasi. Dan jika kelelawar dengan RhGB01 terinfeksi SARS-CoV-2, ada risiko virus ini akan berhibridisasi - dan yang baru akan muncul, yang sudah dapat menginfeksi manusia,”para peneliti menyimpulkan.

Direkomendasikan: